651 പ്രാഥമിക  മത്സ്യത്തൊഴിലാളി വികസനക്ഷേമ സഹകരണസംഘങ്ങൾ അംഗങ്ങളായുള്ള ഒരു സഹകരണ അപ്പെക്സ് ഫെഡറേഷൻ ആണ് മത്സ്യഫെഡ്. ഈ സംഘങ്ങളിൽ 335 കടലോരസംഘങ്ങളും, 198 ഉൾനാടൻ സംഘങ്ങളും, 118 വനിതാ സംഘങ്ങളും ഉൾക്കൊള്ളുന്നു. എല്ലാ സംഘങ്ങളിലും കൂടി 3 ലക്ഷത്തിലധികം അംഗങ്ങളുണ്ട്. ഫെഡറേഷന്റെ അടച്ചു തീർത്ത ഓഹരിമൂലധനം 150 കോടിയോളം വരും. ഭരണപരമായ സൗകര്യത്തിനായി ഭൂമിശാസ്ത്രാടിസ്ഥാനത്തിൽ ഈ 651 സംഘങ്ങളെ 51 ക്ലസ്റ്ററുകളായി തിരിച്ചിരിക്കുന്നു.

നിലവിൽ മത്സ്യഫെഡിന്റെ ഭരണനിർവ്വഹണം ഗവണ്മെന്റ് നിയമിച്ചിട്ടില്ല. അഡിമിനിസ്ട്രേറ്ററുടെ നിയന്ത്രണത്തിൽ ആണ്. മാനേജിംഗ് ഡയറക്ടർ ആണ് മുഖ്യ കാര്യനിർവ്വഹണ ഉദ്യോഗസ്ഥൻ. ഫെഡറേഷന്റെ പ്രവർത്തനങ്ങൾ ഏഴു വിഭാഗങ്ങൾ ആയി തിരിച്ചിരിക്കുന്നു. പേഴ്‌സണൽ വിഭാഗത്തിന് പേഴ്‌സണൽ മാനേജരും മറ്റു വിഭാഗങ്ങളിൽ ഡെപ്യൂട്ടി ജനറൽ മാനേജരും ആണ് തലവന്മാർ. ആസൂത്രണം, പദ്ധതികൾ തയ്യാറാക്കൽ, പദ്ധതി നിർവ്വഹണം, മേൽനോട്ടം, അവലോകനം, വിലയിരുത്തൽ തുടങ്ങിയ എല്ലാ പ്രവർത്തനങ്ങളും ഈ വിഭാഗങ്ങൾ നിർവ്വഹിക്കുന്നു.

9 കടലോരജില്ലകളിലും ഉൾനാടൻ ജില്ലയായ കോട്ടയത്തുമായി 10 ജില്ലാ ഓഫീസുകൾ പ്രവർത്തിക്കുന്നു. ജില്ലാ മാനേജരുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള ഉദ്യോഗസ്ഥസംഘം ജില്ലാ തലത്തിൽ പ്രവർത്തനങ്ങളുടെ മേൽനോട്ടം വഹിക്കുന്നു. സഹകരണസംഘങ്ങളുടെ മേൽനോട്ടത്തിനായി ക്ലസ്റ്റർ തലത്തിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്ന പ്രോജക്ട് ഓഫീസർ ആണ് ഏറ്റവും താഴെ തലത്തിലെ നിർവ്വഹണ ഉദ്യോഗസ്ഥൻ. മത്സ്യത്തൊഴിലാളികളുടെ ഉപദേഷ്ടാവും വഴികാട്ടിയും സുഹൃത്തുമായ പ്രോജക്ട് ഓഫീസർ തീരദേശത്തെ പ്രവർത്തനങ്ങൾ ഏകോപിപ്പിക്കുന്നു.